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Hypercool Primer & Probe ™合成サービス

■ Hypercool Primer & Probe™ とは

これまで測定が困難であった血漿・血清中や長期保存FFPEサンプルなどにおける100bp以下に分解・断片化されたmRNAを定量するために、極力短い70bp以下のアンプリコンサイズを実現させたqPCR用のプライマー・プローブです。修飾塩基「2-amino-dA(2aA)」と「5-Methyl-dC(5mC)」と呼ばれる2種の新規Tm値上昇塩基を導入した際のTm値算出方法を確立することによって、このデザインを可能としました。
(※ 特許出願申請中)
▶ 解説図

このプライマー・プローブによって、血漿中における分解されたmRNAの定量によるがんの超早期発見への応用や長期保存FFPEサンプルからの断片化核酸の定量による遺伝子プロファイリングなどが可能です。
▶ Q&A

■ サービス概要

デザインの仕組み、デザイン方法について以下で解説いたします。お客様ご自身でご希望の遺伝子についてデザインいただいて弊社へ合成をご注文いただくことが可能です。
オプションサービスとして、弊社へのデザインのご依頼も承ります。デザイン結果をお返しいたしますので、その情報に基づいて弊社における合成を承ることも可能です。

■ デザイン解説(※ 特許出願申請中)

初めに、「通常のデザイン方法」を参考にご希望のFプライマー、Rプライマー、加水分解プローブを70bp近傍のアンプリコンでデザインします。続いて、「Hypercool Primer & ProbeTMデザイン方法」を参考に両プライマーおよびプローブのアデニン塩基、シトシン塩基のいくつかを、それぞれ前述の「2aA」「5mC」で置き換えて、Tm値を調整します。塩基置換後のTm値は以下の「Tm値算出シートひな形」で算出可能です。
 通常のデザイン方法   Hypercool Primer & Probe ™デザイン方法  Tm値算出シートひな形

■ アプリケーション例

・血漿中などにおける分解mRNA定量
 「cell-free DNA」「cell-free RNA」について
 血漿中あるいは血清中から疾患由来の核酸を検出することで、がんの早期発見や疾患の進行、
 薬剤効果などの指標とする研究があります。がん組織由来の細胞のアポトーシスなどによって
 もたらされる遊離核酸(cell-free 核酸)検出例においては、分解による核酸の断片化によって、
 従来のqPCR法では十分に検出できませんでした。(参考文献その1)

 血液中にRNAが存在する可能性についても報告され、近年ではmiRNAに見られるように、
 血漿中に遊離したRNA(cell-free RNA)が存在するという報告があります。これは細胞から
 分泌されるエキソソームに内包されて輸送されるRNA由来のものと考えられていますが、
 血漿中においてcell-free RNA を測定した例はほとんどありません。(参考文献その2)

・FFPEなどにおける断片化mRNA定量
 長期間経過したFFPEサンプルにおいては分解により核酸断片化が起こり、従来の手法では
 核酸の定量が困難になることが報告されています。(参考文献その3)

 上記アプリケーションのように、これまで測定したくても困難であったご希望の遺伝子について
 本qPCRアッセイ仕様のプライマー・プローブ デザイン合成を承ります。

■ 検出・定量の実施例

弊社において、これまでほとんど例のない血漿中におけるcell-free RNAのmRNAを測定した実施例をご紹介します。
血漿中におけるcell-free RNAの定量
血漿中におけるβ-catenin mRNAの定量

■ デザイン実績

本qPCR仕様以外のデザインも含め、これまで弊社におけるデザイン遺伝子の実績をご紹介します。
デザイン実績一覧

■ 価格・納期・お申し込み方法

Hypercool Primer & ProbeTM合成サービス

<合成価格>
プライマー・プローブ1セットあたり ¥43,000―税抜き
(※ 合成鎖長に関わらず、一律価格です。)
(※ オプションのデザインサービスは 別途価格¥15,000―税抜き)

<仕様>
Fプライマー(OPCグレード, 2 O.D.保証)
Rプライマー(OPCグレード, 2 O.D.保証)
5’FAM-3’TAMRA修飾プローブ(HPLCグレード, 1 O.D.保証)

<合成サービス納期>
受注から一週間ほどでお届けいたします。(受注後に納期連絡いたします。)
(※ オプションのデザインサービスお申込みの場合は10~14日)
お申込みが混み合った際には、上記以上の期間を要する場合があります。

<お申し込み方法>
必要事項をご入力またはご記入の上、FAX送信ください。
合成サービスFAXお申込書

■ Hypercool PPSセットTM トライアル版

先項の「検出・定量の実施例」において使用したHouse Keeping Gene 10種の本qPCRアッセイ仕様のプライマー・プローブ・検量線スタンダード(PPS)のセット25反応分をお試し価格にてご提供いたしております。
(House Keeping Gene 10種が同一のPCR条件で同時測定することができます。)
詳細はこちら

■お問い合わせ

(株)日本遺伝子研究所 合成事業部
TEL:022-388-9748 FAX:022-388-9740 
E-mail: oligo@ngrl.co.jp

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