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プライマー・プローブ(Hypercool Primer & Probe ™ /通常デザイン) デザイン サービス

■ プライマー・プローブ ( Hypercool Primer & Probe TM /通常デザイン)デザインサービスとは

1999年より数多くのデザインをご提供してまいりました本サービスが、さらに進化しました。
インタクトな核酸の定量に対応した通常のデザインに加え、分解した核酸の定量に適したHypercool Primer & ProbeTMデザインをご提供いたします。全てのPCR機器およびqPCR機器ユーザー様にご利用いただだけます。

Hypercool Primer & ProbeTM デザイン
qPCRは核酸定量のゴールドスタンダードとして広く普及しておりますが、臨床分野で取り扱われるFFPE組織や血漿・血清・尿などの体液中の核酸は著しく分解が進行しており、リアルタイムPCRで通常設定されるアンプリコンサイズでは、感度や精度が低下することが問題となっています。分解核酸のアッセイの性能を向上させるためには、アンプリコンサイズをできる限り短くすることが重要となります(文献1,2,3)。当社で開発されたHypercool Primer & ProbeTMテクノロジーにより、アンプリコンサイズを70bp以下に設定したプライマープローブをデザインすることができます。
Hypercool Primer & ProbeTMデザイン方法 

[文献]
 1.Antonov J,et.al. Lab Invest. 2005 Aug;85(8):1040-50.
   Reliable gene expression measurements from degraded RNA by quantitative real-time
   PCR depend on short amplicons and a proper normalization
 2.Kong H,et.al. Sci Rep. 2014 Nov 28;4:7246.
   Quantitative assessment of short amplicons in FFPE-derived long-chain RNA.
 3.Florent Mouliere et.al. PLOS ONE September 2011 Volume 6 Issue 9 e23418
     High Fragmentation Characterizes Tumour-Derived Circulating DNA

 通常のデザイン
サービス開始当初(1999年)の解析項目(Tm値、GC%、自己相補性、3’stability, BLAST解析、オルタナティグスプライシングバリアント解析、エキソン/エキソン境界など)に加え、近年のアカデミアの知見に基づき、下記の検討を追加し、成功率を向上させています。

デザイン比較 20150115

 

 

 

 

通常のデザイン方法の詳細

(文献)
 4 .BMC Bioinformatics. 2012; 13: 134.
  Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction
 5.Dwight Z,et.al. Bioinformatics. 2011 Apr 1;27(7):1019-20.
     uMELT: prediction of high-resolution melting curves and dynamic melting profiles of
  PCR products in a rich web application.
 6.Barbara D’haene, et.al.  Methods 50 (2010) 262–270
     Accurate and objective copy number profiling using real-time quantitative PCR.
 7.Bustin SA, et.al. Clin Chem. 2009 Apr;55(4):611-22.
       The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time
    PCR experiments.
 8.Lefever S,et.al. Clin Chem. 2013 Oct;59(10):1470-80.
    Single-Nucleotide Polymorphisms and Other Mismatches Reduce Performance of
       Quantitative PCR Assays.

※弊社で合成を行うことを前提としたサービスとなります。
※in-silico 解析によるため、アッセイが実際にうまくいく保証はございません。
  反応検証をご希望のお客様は、至適化サービスをご利用ください。
※有料サービスとなります。(2015年1月31日に、LightCycler®ユーザー様に限定した無料サービスは終了しました。)

■日本遺伝子研究所で行っている主な事例

・分解核酸のためのHypercool Primer & ProbeTM デザイン
    血漿/血清中 cell-free RNA/DNA定量用デザイン
    FFPE組織中RNA/DNA定量用デザイン

・通常のqPCR用プライマーおよびプローブのデザインqPCR解析方法 20150116

 

 

 

 

 

 

・PCR用プライマーデザイン
   シークエンス解析用プライマー
   ノックアウトマウスジェノタイピング用プライマー

■価格・納期

価格・納期
本サービスにおける注意事項
依頼書(デザイン合成)wordファイルPDF

■お問い合わせ 

(株)日本遺伝子研究所 研究支援サービス
TEL:022-388-9747 FAX:022-388-9740
E-mail: application@ngrl.co.jp

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