臨床検査サービス

ddPCR 最適化サービス

アプリラボでは、循環腫瘍DNA（ctDNA）の検出に特化した droplet digital PCR（ddPCR）最適化受託サービス をご提供しています。最新の研究動向と技術を取り入れたアッセイ設計・検証により、高感度・高精度なアッセイをご提供します。

■メニュー

Singleplex ctDNA mutation detection
単一の遺伝子変異を高感度・高精度に検出。微少残存病変（MRD）の検出や治療モニタリングに最適です。

Multiplex ctDNA mutation detection
複数の遺伝子変異を同時に解析し、検査の効率化とコスト削減を実現します。

Aberrant ctDNA methylation detection
ctDNAの異常メチル化パターンを検出し早期診断に活用。
cfDNA中の組織特異的メチル化解析にも対応可能です。

ctDNA copy number aberration detection
ctDNA由来の遺伝子コピー数異常を高精度に定量し、がん診断や治療方針決定を支援します。

Custom application
お客様の研究・臨床ニーズに合わせたカスタムアッセイの開発・最適化にも対応します。

■サービスの特長

短いアンプリコン設計
断片化されたctDNAに対応するため、可能な限り短いアンプリコン長（70bp以下）
のプライマーを設計します。

高性能プローブ設計
Tmエンハンサー（LNAなど）を用いた短いプローブ設計で、高いTmを確保。ddPCRの2Dプロット
におけるクラスタ分離性を向上させ、レインの減少により正確な閾値設定を実現します。

設計情報の完全開示
プライマーやプローブの配列、デザインに関する詳細情報をすべて開示し、再現性を担保します。

徹底した最適化プロセス
アニーリング温度の最適化を実施後、必要に応じて以下の条件をさらに最適化します：
・プライマー濃度
・プローブ濃度
・伸長反応時間
・温度変化率
・サイクル数
クラウド間の分離を最大化し、レインを1%未満に抑えます。

精緻な検証プロセス
以下の検証を行い、詳細なレポートをご提供します：
・他ターゲットへのクロス反応検証
・感度検証（0.1%、5 copies/反応）
・WTゲノム由来の擬陽性レベル検証

お試し測定サービス
最適化条件に基づくお試し測定を、2サンプルまで無料で実施します。

■ddPCR 最適化手順（Multiplex Mutation Detection の場合）

アニーリング温度の最適化
例：55〜65℃でグラジエントPCRを行い、両チャネル（例：FAM/HEX）のドロップレット分離
が良好な最も高い温度を選択します。

アッセイ特異性の検証
オフターゲット変異が存在する場合、人工合成した変異配列を用い、クロス反応がないことを確認します。

擬陽性ドロップレットの検証
Wild-Type DNA（WT DNA）を用い、擬陽性ドロップレットの発生率が0.1%未満であることを検証します。

アッセイ感度の検証
WT cfDNA（500～5,000 copies）にターゲット変異配列（人工合成品）5 copiesをスパイクし、検出可能であることを確認します。

マルチプレックスアッセイの最適化
複数のプローブを異なる濃度で組み合わせ、反応後にクラウド分離性を評価します。分離困難な場合は蛍光色素を切り替えるなどの対策を行います。

Multiplexアッセイの最終検証
マルチプレックスアッセイにおいても、特異性、擬陽性、感度の検証を実施します。

■納品内容

プライマー／プローブ合成品（100 μM、約250反応分） ※最適化条件により変動
ポジティブコントロール
プライマー／プローブデザイン情報
最適化条件詳細
検証結果報告書
お試し測定結果

■ご依頼の流れ

１.お問い合わせ – 対象遺伝子、変異情報をヒアリング
２.お見積り – アプリケーション、アッセイ数、検体数に応じてお見積り
３.アッセイ設計・検証 – in silico設計 → 実験検証
４.納品 – アッセイ条件報告書、データ解析結果をご納品
５.アフターサポート – データ解釈、追加検証のご相談も承ります

■よくあるご質問

Q：Multiplex化は最大何plexまで対応可能ですか？
A：推奨は4-plexまでですが、内容によってご相談可能です。
Q：LODはどのくらいまで下げられますか？
A：変異アレル頻度0.1%以下も可能ですが、対象変異やバックグラウンドDNAによって変動します。
Q：どの機器に対応していますか？
A：Bio-Rad QX200™ に対応可能です。他社digital PCR機種には対応しておりません。

■価格・納期・提出条件

お問い合わせください

■お問い合わせ

(株)日本遺伝子研究所 アプリラボ
TEL:022-388-9747 FAX:022-388-9740
E-mail: application@ngrl.co.jp