オリゴDNA・RNA合成サービス | 新着情報
- 2024/11/29
- DNA & RNA合成 年末年始期間中の発送・受付・窓口のお知らせ
- 2024/11/27
- 弊社ドメインサーバー移管に関するお知らせ
- 2024/11/14
- 韓国 臨床統合医学癌学会 第15回秋季国際学術セミナーにおいて講演いたしました
- 2024/5/29
- 『cEt修飾オリゴヌクレオチド』をアップしました
- 2023/10/23
- 【お客様への注意喚起】弊社を装うフィシングメールにご注意ください
- 2023/5/16
- 天然型DNAのエナンチオマー『L型オリゴヌクレオチド』のご紹介
- 2023/3/24
- 『オリゴDNA・RNAオーダーフォーム』リニューアル
- 2023/2/13
- 「蛍光/クエンチャー組み合わせラインナップ」を更新しました
- 2021/4/01
- 【オリゴDNA・RNA合成の価格表変更のお知らせ】
- 2020/6/02
- 「新型コロナウイルス プライマー・プローブ」N2セットのみのセット合成、Mixtureサービスを追加いたします。
- 2020/1/31
- § 新型コロナウイルスPCR法についてのお知らせ
- 2019/11/18
- Hypercool-qMSP PPセットに新ラインナップを追加しました!
Hypercool Primer & Probe ™ デザイン/通常デザイン
■ プライマー・プローブ ( Hypercool Primer & Probe TM /通常デザイン)デザインとは
1999年より数多くのデザインをご提供してまいりました本サービスが、さらに進化しました。
インタクトな核酸の定量に対応した通常のデザインに加え、分解した核酸の定量に適したHypercool Primer & ProbeTMデザインをご提供いたします。全てのPCR機器およびqPCR機器ユーザー様にご利用いただだけます。
Hypercool Primer & ProbeTM デザイン
qPCRは核酸定量のゴールドスタンダードとして広く普及しておりますが、臨床分野で取り扱われるFFPE組織や血漿・血清・尿などの体液中の核酸は著しく分解が進行しており、リアルタイムPCRで通常設定されるアンプリコンサイズでは、感度や精度が低下することが問題となっています。分解核酸のアッセイの性能を向上させるためには、アンプリコンサイズをできる限り短くすることが重要となります(文献1,2,3)。当社で開発されたHypercool Primer & ProbeTMテクノロジーにより、アンプリコンサイズを70bp以下に設定したプライマープローブをデザインすることができます。
Hypercool Primer & ProbeTMデザイン方法
[文献]
1.Antonov J,et.al. Lab Invest. 2005 Aug;85(8):1040-50.
Reliable gene expression measurements from degraded RNA by quantitative real-time
PCR depend on short amplicons and a proper normalization
2.Kong H,et.al. Sci Rep. 2014 Nov 28;4:7246.
Quantitative assessment of short amplicons in FFPE-derived long-chain RNA.
3.Florent Mouliere et.al. PLOS ONE September 2011 Volume 6 Issue 9 e23418
High Fragmentation Characterizes Tumour-Derived Circulating DNA
通常のデザイン
サービス開始当初(1999年)の解析項目(Tm値、GC%、自己相補性、3’stability, BLAST解析、オルタナティグスプライシングバリアント解析、エキソン/エキソン境界など)に加え、近年のアカデミアの知見に基づき、下記の検討を追加し、成功率を向上させています。
(文献)
4 .BMC Bioinformatics. 2012; 13: 134.
Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction
5.Dwight Z,et.al. Bioinformatics. 2011 Apr 1;27(7):1019-20.
uMELT: prediction of high-resolution melting curves and dynamic melting profiles of
PCR products in a rich web application.
6.Barbara D’haene, et.al. Methods 50 (2010) 262–270
Accurate and objective copy number profiling using real-time quantitative PCR.
7.Bustin SA, et.al. Clin Chem. 2009 Apr;55(4):611-22.
The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time
PCR experiments.
8.Lefever S,et.al. Clin Chem. 2013 Oct;59(10):1470-80.
Single-Nucleotide Polymorphisms and Other Mismatches Reduce Performance of
Quantitative PCR Assays.
※弊社で合成を行うことを前提としたサービスとなります。
※in-silico 解析によるため、アッセイが実際にうまくいく保証はございません。
反応検証をご希望のお客様は、至適化サービスをご利用ください。
※有料サービスとなります。(2015年1月31日に、LightCycler®ユーザー様に限定した無料サービスは終了しました。)
■日本遺伝子研究所で行っている主な事例
・分解核酸のためのHypercool Primer & ProbeTM デザイン
血漿/血清中 cell-free RNA/DNA定量用デザイン
FFPE組織中RNA/DNA定量用デザイン
・PCR用プライマーデザイン
シークエンス解析用プライマー
ノックアウトマウスジェノタイピング用プライマー
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価格・納期
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