便利ツール 使用説明
★使用にあたって
- 本便利ツールは、㈱日本遺伝子研究所が顧客サービスの一環として作成したものです。以下の注意事項に同意の上ご使用願います。
- ご使用に当たっては各自の責任でお願いいたします。これらのプログラムを使って、何らかの損害が発生いたしましても、弊社として一切の責任は負えません。
- このプログラムは商用を目指したものではなく、バグ等がある場合もございます。バグ・要望等御座いましたら、適宜改良していく所存ですので、インフォメーションまでご一報ください。即応は出来ませんが、今後の参考にさせていただきたいと思います。
- ご使用には、Javascriptが装備されたブラウザ（推奨：NS6以上、IE5.5以上）が必要です。
◆ツール メニュー
Search
- メタサーチです。キーワードを１度入れるだけで、Google、PubMed、辞書など多くの検索が出来ます。
- 使い方：キーワードを入力して、お好みのサイトの検索ボタンを押すだけです。キーワードを入れた後、そのままリターンキーを押した場合は、Googleで検索します。
Links
〓単位換算〓
- 長さ、重さ、体積、温度に関して、メトリック法の単位とUSの単位を換算する計算機です。
- 使い方：換算したい数値を適当な欄に入力して、calculateボタンを押せば、その他の単位に換算してくれます。Calibrateボタンは管理人のためのものです。
- このjavascriptの大半はJonathan Weesner氏の作ったjavascriptを流用しました。Jonathan Weesner氏に感謝します。
〓核酸濃度計算〓
- OD260の値から、核酸の濃度を計算する計算機です。
- 使い方：パラメーターを入力して、計算ボタンを押すだけです。
- OD260 x 換算係数 =
μg/ml of nucleic acid
1 OD260 Unit = 50μg/ml for dsDNA
1 OD260 Unit = 40μg/ml for ssRNA
1 OD260 Unit = 35μg/ml for ssDNA
1 OD260 Unit = 33μg/ml for ssOligo
〓Oligo 調製〓
- プライマーを注文したときに、どのくらいのTEに溶かせば、目的の濃度になるかを計算するためのものです。
- たとえば、オリゴが10 nmoleで、最終濃度を50 μMにしたいのであれば、oligonucleotide=10 nmole, final concentration=50 μMと入力して、Calculateボタンを押せば、200μLと出てきます。
〓溶液 調製〓
- バッファーを作るときに、どれだけの溶質を溶かせばいいか計算するためのものです。
- たとえば、0.5MのNaClを200ml作るのであれば、分子量=58.44, 最終液量=500ml, 最終濃度=0.5と入力して、計算ボタンを押せば、14.61gと出てきます。
〓dsDNA: μg → pmol 換算〓
- dsDNAのベースペア数とμgからpmolに換算
- 1ベースペアの平均分子量660pg/pmol
| μg DNA x |
pmol |
x |
106pg |
x |
1 |
= pmol DNA |
|
|
|
| 660pg |
1μg |
N |
〓dsDNA: pmol → μg & ng〓
- dsDNAのベースペア数とpmolからμg & ngに換算
- 1ベースペアの平均分子量660pg/pmol
| pmol DNA x |
660pg |
x |
μg |
x N = μg DNA |
|
|
| pmol |
106pg |
or
| pmol DNA x |
660pg |
x |
ng |
x N = ng DNA |
|
|
| pmol |
103pg |
〓dsDNA & ssDNA: μg/ml → pmol/ml〓
- dsDNA & ssDNAの塩基数とμg/mlから pmol/mlに換算
- 1塩基の平均分子量330pg/pmol
| μg DNA |
x |
ml |
x |
pmol |
x |
106pg |
x |
1 |
= |
pmol/μL DNA |
|
|
|
|
|
| ml |
1000μL |
330pg |
1μg |
N |
〓Oligos(ssDNA): pmol/l → μg/ml〓
- Oligos(ssDNA)の塩基数とpmol/mlからμg/mlに換算
- 1塩基の平均分子量330pg/pmol
| pmol DNA |
x |
1000μL |
x |
330pg |
x |
μg |
x N = |
μg/ml DNA |
|
|
|
|
| μL |
ml |
pmol |
106pg |
〓Oligo Calculator〓
- Tm値の決定には多くの方法が提案されております。
このCalculatorでは、
- 18mer未満のオリゴの場合は、短鎖オリゴとしてWallaceの法則に従って
Tm=2x(A+T)+4x(G+C)
- 18mer以上DNAの場合は、固体熱力学と実験データを
組み合わせたNearest-neighbor法に従って
Tm =((ΔH * 1000 / (ΔS - 26.26)) - 273.15 - 21.5971)
(塩濃度が50mM、オリゴ濃度が0.5µMに固定)
で、計算されます。
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