研究支援サービス

TOP > 研究支援サービス > immune repertoire 受託解析サービス

オリゴDNA・RNA合成サービス

研究支援サービス

臨床検査サービス

取扱製品

immune repertoire 受託解析サービス

■はじめに

当社では次世代シーケンサーillumina Miseq 及び、Roche GS Juniorの2機種を導入しこれまで臨床応用を目指し開発研究を進めてきました。2013年度よりiRepertoire 社とimmune repertoire分野で提携し、immune repertoire 受託解析サービスを開始いたしました。

■免疫レパートリー

ヒトの液性免疫において、T細胞やB細胞は体内に侵入した未知の抗原に対応するため、膨大な多様性を備えています。T細胞やB細胞の多様性は遺伝子の再構成及び、塩基の挿入や欠失によってレパートリーを構築します。TCR(T細胞受容体)とBCR(B細胞受容体)の個々の配列は、ゲノム配列の再構成や変異導入により異なるので、T細胞やB細胞の抗原特異性については、TCR・BCRのゲノム配列またはmRNA(cDNA)の配列を決定することにより手掛かりを得ることができます。

本解析では、配列同定に次世代シーケンサーを使用することにより、サンプル中に含まれるCDR3配列を網羅的・大量並列的に同定可能です。1度のシーケンスで1サンプルにつき約5万種類同定することができます。

現在、世界的にTCR・BCRと病気の関係を調べる研究が盛んに行われており、 HudsonAlpha研究所では、 R10Kプロジェクトと呼ばれる大規模な研究が行われており、100種類の免疫関連疾患について、患者10000人を対象にTCRとBCRを網羅的にシーケンシングし、各疾病の診断、予後および治療に役立つ情報を得ることを目的としています。その中で、 癌における研究として、乳がんや結腸癌などで癌患者さん特異的なTCR・BCRを調べ癌診断を行う為にiRepertoire社(http://www.irepertoire.com/)のTCR・BCR解析システムを用いて研究を行なっております。※サンプルによって変動いたします。

■サービス内容

免疫レパートリー解析サービスの特徴
● 次世代シーケンサーでTCR(T細胞受容体)/ BCR(B細胞受容体)レパートリーを大量並列的に同定
● 1サンプルから得られるCDR3配列の情報は100,000~500,000取得可能
● ライブラリー増幅は特許取得のarm-PCRテクノロジーを使い、バイアスを抑え、包括的・半定量的にレパートリー増幅が可能
● ライブラリー調製の自動化により、コンタミネーションのリスクを大幅に低減 

ご依頼の流れ・解析項目

 ご依頼の流れ・解析項目

 

 

 

 

 

サンプルの受領後、シークエンスライブラリーの作成、次世代シーケンサーでシーケンシングを実施しいたします。解析結果はWEBでご確認いただけます。

■免疫レパートリー(TCR/BCR)増幅の特徴

特許取得 arm-PCR*テクノロジー
網羅的且つ半定量的に増幅できる2ステップのマルチプレックスPCR反応

 arm-PCRテクノロジー

 

 

ライブラリー調製にはiRepertoire社の免疫レパートリー増幅システムを使用しております。 また、完全密封型カセットにライブラリー調製試薬がロードされ、自動にてライブラリー調製を行うiCubate自動PCRシステムを導入いたしました。iCubateカセットは、arm-PCRテクノロジーによるPCRバイアスの排除と密封型カセットによるコンタミ防止を実現しており、NGS用ライブラリー調製に最適です。
生成物は、MiSeqシーケンサー(イルミナ社)で塩基配列を検出し、出力データは、iRepertoire社独自の解析ソフトウェア・パイプラインで各種解析を行いご報告いたします。
                                                                                                        * patent 7,999,092 

iCubate自動PCRシステム

 

 

 

■解析

解析内容
・TCR / BCRのV遺伝子、(D)、J遺伝子の組み合わせと相対頻度分布
・TCR / BCRの可変領域の配列情報やサイズ、CDR3の構成と頻度
・CDR3のリスト
・サンプル間で共通するCDR3配列の比較
・遺伝子再構成で起こった挿入塩基数や欠失塩基数及び塩基長
・多様性の数値化(多様性指数解析 特許 US 2012 0183969 )
・レパートリーのをビジュアライズ化 

解析結果例

解析結果例

 

 

 

 

 

 

解析結果を確認する際は、下のタブからサイトにアクセスしていただき取得したアカウントを用いてログインして下さい。
ソフトウェアの内容、デモデータを確認したい場合は、以下のデモ用アカウントを用いてログインすることが出来ます。

データ解析サイトはこちらボタン

 

Username : demo
Password : 12345

データ解析ガイド
英語原文 data Analysis Guid(外部リンクiRepertoire社)
日本語版(和訳版) data Analysis Guid

解析使用例
I dentification and temporal monitoriing of breast cancer-associated Tcell receptors with high throughput sequencing

価格・納期 
依頼書・提出条件 word/PDF

■お問い合わせ

㈱日本遺伝子研究所 研究支援サービス
TEL:022-388-9747  FAX:022-388-9740
E-mail: application@ngrl.co.jp 

ページのトップへ戻る